Thời kỳ The Beatles làm việc phòng thu tại studio Abbey Road chính là điểm khởi đầu cho những khúc mắc trong nhóm. Dù vẫn cho ra đều đặn các tuyệt phẩm, các thành viên bắt đầu lời nói qua lại và thiếu hợp tác. Dù tiếp tục chia sẻ ý tưởng và góp ý về giai điệu, bộ đôi Lennon-McCartney ngày càng ít tìm được tiếng nói chung trong các sáng tác.

Lennon tiếp tục theo đuổi âm nhạc rock mà anh vẫn làm (như trong "Sgt. Pepper's Lonely Hearts Club Band", "Lucy in the Sky with Diamonds", "Yellow Submarine", "Revolution", "All You Need Is Love" và "Come Together"), trong khi McCartney vẫn theo đuổi con đường nhạc trữ tình (như trong "Eleanor Rigby", "Let It Be" và "Hey Jude"). Tuy nhiên ảnh hưởng của họ tới nhau vẫn là vô cùng đáng kể. "A Day in the Life" có những câu của McCartney ("Woke up, fell out of bed, dragged a comb across my head...") đi liền với câu hát của Lennon ("I read the news today, oh boy..."); "Hey Jude" ("The movement you need is on your shoulder") là bài hát Paul viết động viên con trai của John, Julian Lennon sau khi ba mẹ của anh li dị.

Tới khi làm album Sgt. Pepper's Lonely Hearts Club Band, ban nhạc đã có nhiều sự gắn kết hơn để rồi họ ra mắt gần như tiếp sau đó Magical Mystery Tour trong năm 1967. Tới năm 1968, trục trặc lại tới trong quá trình thu âm Album trắng khi Paul McCartney tỏ ý chê bai những ý tưởng sáng tác của George Harrison tới mức George dọa sẽ rời khỏi The Beatles ngay khi có thể. Việc này không làm hài lòng John và dù rằng sau đó Paul đã phải xin lỗi Harrison và Lennon cũng như Starr sau đó, song giữa John và Paul lại "bằng mặt mà không bằng lòng".

Album Yellow Submarine (1968) là album được coi là kém chất lượng nhất của The Beatles khi ban nhạc gặp nhiều khó khăn trong việc thống nhất sáng tác. Tới năm 1969, John Lennon tuyên bố Abbey Road sẽ là album phòng thu cuối cùng mà cả nhóm hợp tác và anh sẽ rời nhóm vào ngày 20 tháng 9.[5] Ca khúc "I Want You (She’s So Heavy)" chính là ca khúc cuối cùng mà bốn thành viên của nhóm làm việc chung. Ca khúc này được thu âm vào ngày 20 tháng 8 năm 1969.[5] Abbey Road cũng chính là lần cuối cùng bộ đôi Lennon-McCartney còn hợp tác (Let It Be và bộ phim ra mắt năm 1970 song được quay và thu âm từ tháng 1 năm 1969).

Năm 2005, tạp chí Rolling Stone công bố bài trả lời phỏng vấn năm 1970 của John Lennon với Jann Wenner - người sáng lập ra tạp chí này. Theo John thì khi Paul McCartney thực hiện bộ phim Let It Be, bộ phim chỉ nói về anh ta. Paul bố trí camera để chỉ quay hình ảnh của Paul mà không thèm để ý gì đến ba thành viên còn lại. Sự hiện diện của ba người này trong phim đã trở thành những nhân vật phụ chỉ để làm nổi bật hình ảnh của Paul. Vậy nên họ bất mãn và bàn nhau giải thể The Beatles.

Có vài ý kiến khác cho rằng việc John ảnh hưởng về mặt chính trị lên các bài hát của The Beatles (như các bài "Revolution", "Yellow Submarine") khiến các thành viên khác không hài lòng[6]. Cũng chính vì thế mà McCartney, một người say mê với các bản tình ca, khó có thể tìm được tiếng nói chung với Lennon nữa. Từ đó nhiều khúc mắc nảy sinh mà ban nhạc tan rã.